A jobb oldalihoz hasonlóan a bal oldalhajó szintén boltszakaszokból áll. A hatodik boltszakaszban egy fafeszület áll: a legenda szerint Borromeo Szent Károly az 1576. évi pestisjárvány idején ezzel vonult végig Milánó utcáin. Rengeteg gyertya égett a hosszú, asztalszerű állványokon, szinte az egész oldalhajóban. A második boltszakasz falán két veronai vörös márványból készült tábla áll, nyolc apostol domborműképével, amelyek egy ismeretlen, 13. századi campionei mester alkotásai. E boltszakasz mellett, balról a második oldalhajóban egy Pellegrino által tervezett reneszánsz keresztelőmedence van, a hozzá tartozó porfirmedence — a feltevések szerint — még a római korból maradt fenn. Az első boltszakaszban Carpi modern, festett üveg-ablakai alatt egy napóra áll, amelyet a szemközti ablakból ide-írányított fény világít meg.
